产品介绍
转录组研究是理解生命过程必不可少的工具之一,然而二代RNA-Seq不能准确得到或组装出完整转录本,无法识别Isoform、同源基因、超家族基因、等位基因表达的转录本,使人们难以理解这一生命活动更深层次的含义。全长转录组测序,无需打断,基于三代测序平台直接获取转录本的5ˊ到3ˊ高质量全长序列。
产品特点
相比二代转录组测序,可准确鉴定基因的可变剪接、可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation, APA)、融合基因、基因家族和非编码RNA等信息。基于nanopore三代测序平台进行全长转录组测序,还可实现基因和转录本表达水平准确定量。
分析方法
首先通过全长序列识别、全长序列polish得到一致性序列和一致性序列去冗余,再进行后续的Isoform、同源基因、基因家族、SSR、可变剪接、lncRNA等分析。
分析内容
转录本全长序列统计、可变剪接分析、转录本融合发现、可变多聚腺苷酸化、SSR分析、
新基因编码区序列预测、转录因子分析、LncRNA预测、差异表达基因筛选、差异表达基因注释和富集分析、差异表达基因蛋白互作网络、GSEA分析。
分析结果示例图
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