宏基因组(Metagenomics)是对特定环境中的整个微生物群落进行研究的方法。这项技术突破了传统微生物分离和培养的技术限制,直接提取环境样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落 结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。宏基因组测序技术在医学、畜牧、农业、环境和生物能源等多个领域都有广泛的应用。
产品特点
全面性:宏基因组测序能够提供对样本中微生物群落的全面分析,包括物种组成、基因功能和代谢通路等。
高通量:我们采用先进的测序平台,选取较好组装效果,充分挖掘环境样品中的微生物菌群和功能基因,提供更深入的微生物群落分析。
技术多样性:根据高通量测序平台的不同,宏基因组测序可分为二代和三代技术。二代技术提供10G raw data,而三代技术提供3G raw data,根据不同的研究需求选择合适的技术平台。
准确性和分辨率:三代测序技术在保持长读长的同时也兼顾了准确度,减少了拼接错误,提高了基因组组装注释的准确性和微生物群落鉴定的分辨率。
专业分析:我们拥有专业的生物信息团队,可以满足个性化的生物信息分析要求。
1、基本分析结果
1.1三代宏基因组组装与矫正
1.2宏基因组组分分析(基因预测)
1.3非冗余基因集的构建(功能注释分析)
1.4功能注释分析(Nr、Go、KEGG、eggNOG、Pfam、SwissProt、CAZy、CARD、VFDB、PHI-base、CYPED)
2、功能多样性分析
2.1功能基因组成及丰度分析Kegg功能基因组成分析eggNOG功能基因组成分析碳水化合物酶组成分析CARD功能基因组成分析
2.2功能基因的Beta多样性分析功能基因的PCA分析功能基因的PCoA分析功能基因的NMDS功能基因的UPGMA功能基因的anosim功能基因的permanova
2.3功能基因的组间差异分析功能基因的组间差异参数检验功能基因的组间差异非参数检验功能基因的metagenomeSeq
2.4功能基因的关联及相关性分析功能基因的相关性分析RDA/CCA(需要提供环境因子数据)
3、物种多样性分析
3.1物种组成及丰度分析物种组成柱状图
3.2物种的Beta多样性分析物种组成的PCA分析物种组成的PCoA分析物种组成的NMDS分析物种组成的UPGMA分析物种组成的anosim分析物种组成的permanova分析
3.3物种的组间差异分析物种组成的组间差异参数检验物种组成的组间差异非参数检验metagenomeSeq分析物种Lefse分析物种随机森林分析
3.4关联及相关性分析物种相关性分析RDA/CCA(需要提供环境因子数据)
结果展示
送样建议
样本类型 | 建议送样量 | 最低送样量 |
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 | 2g | 1g |
水体滤膜(孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm) | 3张 | 1张 |
空气滤膜 | 3张 | 1张 |
拭子 | 5-6个 | 3个 |
瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀) | 3-5mL,沉淀1g | 1mL,沉淀0.5g |
粪便/肠道内容物 | 2g(小鼠6-10粒) | 0.5g(小鼠3粒) |
动物/人组织 | 1g | 0.5g |
牛奶/酸奶 | 30mL/50g | 10mL/5g |
食糜 | 2g | 1g |
食品表面拭子 | 8个 | 5个 |
保存及运输:样本-80℃或液氮中长期保存,干冰运输 |
科研服务咨询
公众号二维码