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网络药理/毒理学分析

组学测序

网络药理/毒理学分析

分析目的

网络药理学/毒理学+分子对接技术可以用于探讨中药/化合物,对疾病/健康的作用机制。寻找潜在的治疗靶点/毒性靶点。构建分子-靶标结合位点,为理解成分在疾病中的作用提供分子层面的见解。

数据来源

ChEMBL、DrugBank、TOXNET、CTD、OMIM、KEGG等公共数据库。

分析方法

利用中医药系统药理学(TCMSP)数据库、疾病基因数据库(Genecards、OMIM、PharmGkb、DrugBank、TTD)、建立靶点与疾病相关基因集。使用Cytoscape 软件构建了“成分-靶标”交互式主动网络图谱。基于枢纽基因进行功能富集分析。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。使用SwissADME工具评估士的宁的药代动力学(ADMET)特性。使用Autodock Vina进行分子对接,以探索化合物与靶蛋白之间的相互作用。最后,运用分子对接技术评估化合物与核心靶标的结合能力。

分析内容

获得相关成相关基因的基因集,分析与相关的潜在靶点、构建PPI网络筛选核心目标、GO 和KEGG 通路富集分析、分子对接。


分析结果示例图