真菌基因组精细图是利用三代测序技术和生物信息学分析手段,对真菌的基因组进行高精度绘制,它能够提供真菌基因组的详细信息,包括基因的数量、位置、结构以及基因间的相互关系等诸多内容,在真菌分类学、功能基因研究中发挥关键作用。在制药行业,许多真菌能够产生具有药用价值的次级代谢产物,精细图可以帮助挖掘真菌基因组中与这些产物合成相关的基因簇,加速药物研发进程。
产品特点
1、高准确性
采用二代+三代测序方案,进行高深度测序,能够获取大量的基因组序列信息,减少测序错误和序列拼接的间隙。结合先进的生物信息学算法进行基因组组装和注释,能够准确识别基因的边界、外显子和内含子等结构,对于复杂的基因区域(如重复序列区域)也能进行精准解析。
2、高分辨率细节呈现
可以精细到单碱基分辨率,能够清晰地展示基因内部的各种变异情况,如单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)等。不仅能够确定基因的位置,还能详细描绘基因上下游的调控区域,包括启动子、增强子等元件的位置和序列信息,这对于研究基因表达调控机制至关重要。
样品类型
· 最常见的是新鲜的真菌组织。例如,对于丝状真菌,可以采集其菌丝体部分;对于酵母等单细胞真菌,则收集处于对数生长期的细胞。
· 也可以是经过妥善保存的真菌样本,如在液氮中速冻保存的真菌组织,或者是在特定保存液(如含有甘油等保护剂的缓冲液)中保存的真菌样本。
样品量要求
· 对于新鲜组织,丝状真菌一般需要至少100-200毫克的菌丝体,确保含有足够的基因组DNA用于测序。单细胞真菌如酵母,细胞数量建议达到10⁷-10⁸个左右。
· 如果是保存的样本,由于可能存在DNA降解等情况,样本量可能需要适当增加,以保证能够提取到足够高质量的基因组DNA用于构建测序文库。
样品质量
· 样品应尽量避免污染,特别是避免其他微生物(如细菌、其他真菌)的污染。在采集和处理样品过程中,要严格遵守无菌操作规范。
· 对于保存的样品,要确保其保存条件良好,没有发生明显的DNA降解。可以通过琼脂糖凝胶电泳等方法对提取的基因组DNA进行质量检测,观察DNA条带是否完整,没有明显的拖尾现象。
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