【第二弹】赶紧收藏 | 必看的科研网站 不要错过！
一、蛋白序列分析
1、信号肽预测：
信号肽预测网站是一个提供在线服务的平台，用于分析和预测蛋白质序列中的信号肽，帮助研究者了解蛋白质的分泌途径和定位机制
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
2、跨膜区预测：
跨膜区预测网站是一个专业的生物信息学工具平台，提供在线分析服务以预测蛋白质序列中的跨膜区域，帮助研究者了解蛋白质的结构和功能。
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
3、结构域预测：
结构域预测网站是一个生物信息学分析平台，专门用于预测蛋白质序列中的结构域，为研究蛋白质功能和结构提供科学依据。
http://smart.embl-heidelberg.de/
4、蛋白性质预测：
蛋白性质预测网站是一个生物信息学工具平台，提供在线服务以预测蛋白质的物理化学性质，如分子量、等电点、疏水性等，辅助科研人员进行蛋白质特性分析。
http://web.expasy.org/protparam/
5、蛋白质结构与功能预测：
蛋白质结构与功能预测网站是一个综合性生物信息学平台，提供蛋白质三维结构建模、功能分析和相关性质预测，助力科研人员深入理解蛋白质的生物学特性。
http://biotools.nubic.northwestern.edu/proteincalc.html
6、二级结构预测：
二级结构预测网站是一个专业的生物信息学工具，它提供在线服务以预测蛋白质的二级结构，帮助科学家分析蛋白质的折叠模式和功能特性
http://raptorx.uchicago.edu/
7、评估结构预测的准确性和可靠性：
评估结构预测的准确性和可靠性的网站通常是一个生物信息学平台，提供工具和资源来验证蛋白质结构预测模型的科学性和实用性。
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/
8、蛋白质结构和功能预测：
蛋白质结构和功能预测网站是一个生物信息学资源，利用计算模型和算法预测蛋白质的三维结构、功能以及相关特性，为生物学研究和药物设计提供科学依据
https://www.cameo3d.org/
9、三维结构比对：
三维结构比对网站是一个专业的生物信息学工具，提供在线服务以比较和分析蛋白质或核酸的三维结构，帮助研究者理解分子间的相似性和差异性
https://open.predictprotein.org/
10、同源建模：
同源建模网站是一个生物信息学平台，提供基于已知蛋白质结构的序列同源性分析，预测未知蛋白质的三维结构模型
https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
11、预测蛋白相互作用：
预测蛋白相互作用的网站是一个生物信息学工具平台，利用计算方法预测蛋白质之间的潜在相互作用关系，帮助科研人员理解生物分子网络
https://string-db.org/
12、Pfam数据库是蛋白质家族的集合（根据结构域分类）:
Pfam数据库是一个权威的蛋白质家族资源，提供基于结构域的分类和注释，帮助研究者识别和分析蛋白质家族的功能和进化关系
http://pfam.xfam.org/
二、新药研发常用数据库及网站
1、Chemical Index Database:
化学物质索引数据库
www.drugfuture.com/chemdata/index.aspx
2、Inactive Ingredient Search for Approved Drug Products:
美国FDA批准药物非活性成分数据
www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx
3、U.S. FDA Drugs Database:
美国FDA药品数据库
https://www.drugfuture.com/fda/
4、Chinese Marketed Drugs Database:
中国药品注册数据库
www.drugfuture.com/cndrug/
5、Chemical Toxicity Database：
化学物质毒性数据库
www.drugfuture.com/toxic/
6、Drugbank：
药物综合数据库
https://go.drugbank.com/
7、Medpeer药学中心：
Medpeer药学中心是一个专业的药学信息平台，提供药物知识、研究数据和药学服务，旨在促进医学专业人士的学术交流和临床决策
http://pharmacy.medpeer.cn/
8、美国FDA批准药物非活性成分数据库：
美国FDA批准药物非活性成分数据库是一个提供FDA上市产品中包含的辅料信息数据的资源，支持模糊查询，检索结果包括非活性成分名称、给药途径、剂型、CAS登记号、美国药典/FDA物质登记系统标识码以及处方中辅料使用量，为药物研究提供辅料的安全用量的事实性数据，数据更新与FDA同步
https://www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx
9、FDA药品注册法规：
美国FDA药品注册法规网站提供了全面的新药注册解读，包括临床前研究、新药临床试验申请（IND）、药品上市许可申请（NDA）等流程，以及相关的药品注册管理办法和规定，确保药品的安全性、有效性和质量可控性
https://www.registrarcorp.com/
10、药用辅料手册：
药用辅料手册网站是一个提供药用辅料详细信息和使用指南的资源平台，帮助制药专业人士了解和选择合适的辅料以确保药品的安全性和有效性
https://www.drugfuture.com/excipients/browser.html
11、药品标准查询数据库：
药品标准查询数据库是一个提供药品标准信息的在线平台，允许用户检索和获取药品的质量标准、成分和生产规范等详细资料
https://www.drugfuture.com/standard/index.html
12、ICH指南：
国际人用药品注册技术协调会
https://www.ich.org/
13、美国药典在线：
ICH指南网站是一个国际性平台，提供国际协调会议（International Council for Harmonisation of Technical Requirements for Pharmaceuticals for Human Use，简称ICH）制定的关于药品质量、安全性和有效性评价的统一技术指南，旨在促进全球药品注册的协调与一致性
https://www.drugfuture.com/Pharmacopoeia/usp32/
14、美国药典委员会USP：
美国药典委员会USP网站是一个权威的药典资源平台，提供关于药品质量标准、鉴定方法和相关信息的详细指南，其出版的《美国药典/国家处方集》（USP/NF）是药品生产、使用、管理、检验的法律和技术依据
https://www.usp.org/
15、欧洲药典委员会EDQM：
欧洲药典委员会EDQM网站是提供欧洲药典（European Pharmacopoeia）的官方资源，包括药品质量标准、测试方法和指南，是欧洲药品监管和质量控制的权威参考
https://www.edqm.eu/en/home
16、国家药典委员会：
国家药典委员会网站是中国药品标准制定和发布的官方平台，提供中国药典（ChP）的详细信息、药品质量标准和相关法规，是药品研发、生产和监管的重要参考
https://www.chp.org.cn/
17、美国药品监督管理局FDA：
美国食品药品监督管理局（FDA）网站是提供药品、食品、化妆品等产品监管信息的官方平台，确保其安全性、有效性和质量合规，保护公众健康
https://www.fda.gov/
18、欧洲药品监督管理局EMA：
欧洲药品监督管理局（EMA）网站是一个提供药品监管信息、指南和资源的官方平台，致力于评估、监督和保护欧盟内药品的质量和安全性
https://www.ema.europa.eu/en
19、国家药品监督管理局NMPA：
国家药品监督管理局（NMPA）网站是中国药品监管的官方平台，提供药品、医疗器械、化妆品的监管政策、法规、安全信息以及相关服务，确保公众用药安全有效
https://www.nmpa.gov.cn/
20、中华试剂网：
中华试剂网是一个提供化学试剂、生物试剂及相关实验耗材的在线采购平台，致力于满足科研和工业领域的实验需求
http://www.labgogo.com/
21、国家药品监督管理局药品审评中心CDE：
国家药品监督管理局药品审评中心（CDE）网站是中国药品技术审评的官方平台，负责药品注册申请的审评工作，提供审评指南、政策法规和审评进度查询等服务，确保药品的安全性、有效性和质量可控
https://www.cde.org.cn/
22、Handbook of Pharmaceutical Excipients：
药用辅料手册
www.drugfuture.com/excipients
三、蛋白质及核酸序列
搜索/处理工具
1、NCBI Blast:
比对查找核酸或蛋白质序列
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cg
2、Clustal Omega:
在线多序列比对工具
https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/
3、Primerbank:
查询人和小鼠的qRT-PCR引物
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
4、CHOPCHOP:
sgRNA序列设计
http://chopchop.cbu.uib.no/
5、CRISPick：
sgRNA序列设计网站
https://portals.broadinstitute.org/gppx/crispick/public
6、GFP portal：
shRNA序列查询网站
https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/gene/search,
7、Addgene：
最全的质粒序列库
https://www.addgene.org/
8、Snapgene Plasmids：
收录大量的标准化、商业化质粒序列
https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files/
四、在线计算
1、chemcalc:
ChemCalc是一个在线化学计算工具网站，提供化学方程式平衡、溶液浓度计算等功能，帮助用户进行化学相关的数值分析和数据处理
https://www.chemcalc.org/?mf=RuClH(CO)(PPh3)3&isograph=on
2、NCBI (National Center for Biotechnology Information):
提供生物信息学和生物医学领域的数据库和工具，此外还包括PubMed、GenBank等，都是咱们科研人必备呢
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
3、Ensembl：
提供基因组注释、基因定位、序列比对等生物信息学数据和工具
http://ensemblgenomes.or
4、UCSC Genome Browser：
提供广泛的基因组数据、注释信息和工具，用于基因组浏览与分析
http://genome.ucsc.edu/
5、Expasy：
提供生物信息学数据库和工具，涵盖蛋白质序列分析、结构预测、蛋白质功能预测等
https://www.expasy.org/
6、STRING：
提供蛋白质相互作用网络和功能注释信息，用于蛋白质互作预测和功能研究
https://cn.string-db.org/
7、DAVID Bioinformatics Resources：
提供基因功能注释、通路分析、蛋白质互作等生物信息学数据分析工具
https://david.ncifcrf.gov/home.jsp
8、Bioconductor：
提供用于R编程语言的生物信息学数据分析工具和软件包
http://master.bioconductor.org/
9、GeneCards：
提供人类基因的综合信息和注释数据库，用于基因的功能和表达分析
https://www.genecards.org
10、Pfam：
提供蛋白质家族数据库，用于蛋白质序列分析和功能预测
https://pfam.my/
11、EMBL-EBI：
欧洲生物信息研究所提供的生物信息学数据资源和工具，包括EMBL数据库、ENA数据库等
https://www.ebi.ac.uk/
五、基因表达
分析工具/网站
1、GEPIA：
基因表达分析平台。
http://gepia.cancer-pku.cn/
2、Kaplan-Meier：
基于基因表达量的生存分析。
https://kmplot.com/analy
3、R2：
基因表达数据库。
https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi
六、PDF格式转化
1、wondershare：
Wondershare是一个提供多媒体编辑软件和在线服务的公司，专注于帮助用户轻松创建、编辑和分享视频、音频和图片内容
https://www.hipdf.com/
2、CleverPDF：
CleverPDF是一个在线PDF工具网站，提供快速、简便的PDF转换、编辑和压缩服务，帮助用户高效地处理PDF文档
https://www.cleverpdf.com/cn
3、I LOVE PDF：
是一个提供全面PDF处理功能的在线平台，允许用户免费转换、编辑、合并和分割PDF文件，以及进行其他PDF相关操作
https://www.ilovepdf.com/zh-cn
4、ALL TO ALL在线格式转换：
ALL TO ALL是一个多功能的在线格式转换平台，支持多种文件格式之间的互转，使用户能够轻松转换文档、图片、视频和音频文件
https://www.alltoall.net/
七、专利查询类
1、国家知识产权局：
国家知识产权局网站是中国政府官方平台，提供知识产权相关的法律法规、政策资讯、专利检索和申请服务，致力于保护和促进创新成果
https://www.cnipa.gov.cn/
2、中国专利下载：
中国专利下载网站是一个提供专利文献检索、下载和相关信息服务的平台，方便用户获取中国专利的详细信息和文档
https://www.drugfuture.com/cnpat/cn_patent.asp
3、专利在线：
专利在线网站是一个提供专利检索、分析和下载服务的平台，旨在帮助用户快速访问和管理专利信息
https://www.patent9.com/
八、分子克隆
1、引物Tm值计算：
引物Tm值计算网站是一个在线工具，用于预测DNA或RNA引物的熔解温 度（Tm），帮助科研人员设计实验中使用的PCR引物，确保实验的准确性和效率
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html
2、密码子优化：
密码子优化网站提供在线服务，帮助科研人员根据目标生物体的密码子使用偏好优化基因序列，以提高外源基因在宿主细胞中的表达效率
https://sg.idtdna.com/CodonOpt
3、质粒图谱分析：
质粒图谱分析网站是一个在线工具平台，提供质粒DNA的可视化编辑、分析和设计功能，帮助科研人员构建和优化遗传载体
http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/
4、启动子信息：
启动子信息网站是一个生物信息学资源，提供关于基因启动子区域的详细信息和分析工具，帮助科研人员理解基因表达调控机制
https://blog.addgene.org/plasmids-101-the-promoter-region
5、addgene（一个质粒数据库）：
Addgene是一个非营利性的质粒共享平台，提供科研人员用于基因克隆、表达和RNA干扰等多种生物学研究的质粒资源，支持全球科学社区的实验需求
http://www.addgene.org/vector-database/
6、NEB 内切酶buffer推荐：
NEB（New England Biolabs）网站提供内切酶及其相应的缓冲液推荐信息，帮助科研人员选择合适的酶和buffer系统进行分子生物学实验
九、蛋白表达与纯化
1、蛋白表达菌株信息：
蛋白表达菌株信息网站是一个生物技术资源平台，提供各种用于蛋白表达的细菌、酵母和哺乳动物细胞菌株的详细信息，帮助科研人员选择最适合其研究目的的表达系统
http://wolfson.huji.ac.il/expression/bac-strains-prot-exp.html
2、蛋白纯化：
蛋白纯化网站通常提供蛋白质分离和纯化的方法、技术指南和相关产品信息，帮助科研人员优化实验流程以获得高纯度的蛋白质样品
http://wolfson.huji.ac.il/purification/Purification_Protocols.html
十、AI大语言模型
资源网站
1、Globe explorer：
Globe explorer基于LLMs等大型语言模型，根据输入的关键词或提问，利用AI筛选结果，构建出一个目标信息有关的知识图谱，以思维导图的形式进行呈现。我们可以免费/无注册地使用GPT-3.5和Haiku的版本进行图谱构建
https://explorer.globe.engineer/
2、Pi：
Pi是一个为公众号提供内容管理和互动工具的平台，旨在增强用户参与度和提升内容表现力
https://pi.ai/onboarding
3、Kimi：
KIMI是一个多功能的人工智能助手，专为公众号提供智能内容创作、管理和用户互动服务，以提升用户体验和运营效率
http://kimi.moonshot.cn
十一、实验方案类
1、call for lab-tested protocols：
"Call for Lab-Tested Protocols" 网站是一个平台，致力于征集和分享经过实验室测试验证的科学协议和方法，以促进科研交流和技术创新。
https://star-protocols.cell.com/search
